كشف معهد الشرق الأوسط الأمريكي، في تقرير له عن شواهد عديدة قال بأنها تثبت تورط جيبوتي في تمويل الإرهاب الحوثي باليمن والبحر الأحمر، والتخادم مع إيران والصين ، رغم مزاعمها بالشراكة في مواجهة الإرهاب.   ورغم علاقتها الجيدة مع أمريكا والغرب ، يؤكد تقرير المعهد أن جيبوتي تعمل كقناة للنفوذ الصيني، وارتبطت بجهات فاعلة خبيثة مثل إيران والحوثيين”. أضف إلى ذلك "اتهمت بالضلوع في أنشطة مختلفة في السوق السوداء، بما في ذلك غسل الأموال، والتمويل غير المشروع، وتهريب النفط، والاتجار بالأسلحة".   مشيراً الى أن جيبوتي باتت اليوم "مركزاً لأنشطة السوق السوداء في القرن الأفريقي، بما في ذلك مركز لغسيل الأموال والتمويل غير المشروع، ونقطة عبور لتهريب الأسلحة لصالح إيران ووكلائها في اليمن والمنطقة”.   ويقول التقرير بأنه على الرغم من أن جيبوتي تبدو شريكا (لأمريكا والغرب) يمكن الاعتماد عليه، لكن المساعدة المادية التي تقدمها الكيانات الموجودة في جيبوتي للحوثيين تقوض حيادها المزعوم وجهودها الظاهرية لتعزيز السلام.   ويسرد التقرير حوادث على ذلك ، منها قيام شركة جيبوتية بشحن 40 ألف صاعق كهربائي يستخدم للمتفجرات في أغسطس 2020، ، وفي مارس 2021، ألقت الحكومة اليمنية القبض على نفس الكيان الجيبوتي أثناء نقل 225 طنا من المواد الكيميائية المستخدمة في تصنيع المتفجرات والصواريخ”.   ويفضح التقرير جانبها من مواقف النظام في جيبوتي الداعم لمليشيات الحوثي ، حيث ، ترفض "حكومة جيبوتي إدانة الهجمات التي تنفذها مليشيا الحوثي على حركة الملاحة البحرية منذ 7 أكتوبر".   بل أن وزير خارجية جيبوتي، محمد علي يوسف، قد ذهب إلى حد الإعلان عن دعمه للحوثيين أثناء تنفيذهم هجمات على حركة الملاحة البحرية في البحر الأحمر ومضيق باب المندب، مبررا ذلك بأنها “إغاثة شرعية للفلسطينيين”.   وفوق ذلك – كما يقول التقرير - سمحت جيبوتي "لسفن التجسس الإيرانية بالرسو في القاعدة العسكرية الصينية، وهو ما قد يوفر معلومات استخباراتية حاسمة للحوثيين أثناء تنفيذهم للهجمات على الشحن".   وفي حين يشير التقرير الى أن هذه المواقف تبدو مربكة نظراً لأن إغلاق مضيق باب المندب سيعطل اقتصاد جيبوتي واقتصاد دول أفريقية أخرى ، الا أن حقائق مثيرة تكشف انها مستفيدة من هذه الفوضى.    ووفقا لمقابلة أجرتها وكالة بلومبيرغ مع رئيس موانئ جيبوتي ومنطقة الحرة، أبوبكر عمر هادي، استفادت جيبوتي من الفوضى في الجزء الجنوبي من البحر الأحمر وهجمات الحوثيين على التجارة البحرية. إذ قال مستهزئاً: "مصائب قوم عند قوم فوائد".   وعند إلقاء نظرة فاحصة على بيانات التجارة البحرية العالمية، شهدت شحنات جيبوتي التجارية والصادرات والواردات، بما في ذلك عمليات إعادة الشحن، زيادة كبيرة من عام 2023 إلى عام 2024 ، وزادت أحجام إعادة الشحن من 19% فقط في أوائل ديسمبر 2023 إلى 60% في أبريل 2024.    وعلى النقيض من ذلك، ألحقت هجمات الحوثيين على السفن التجارية خسائر اقتصادية فادحة بالدول الواقعة في البحر الأحمر وخليج عدن، حيث انخفضت حركة عبور سفن الحاويات بنسبة 70% عبر خليج عدن وقناة السويس اعتبارًا من فبراير   التقرير أدان التورط الجيبوتي المفضوح باستشهاد ثان، حين قال إنه “في 16 يونيو 2024، ذكرت صحيفة وول ستريت جورنال، أن الحوثيين أنشأوا طريقا جديدا عبر جيبوتي، باستخدام السفن المدنية لنقل الأسلحة من الموانئ الإيرانية”.   ويرى المعهد في تقريره المدعم بالشواهد أن “هذه الإجراءات (الجيبوتية) تثير شكوكاً كبيرة حول حياد جيبوتي كشريك، مما يثير التساؤل حول سبب عدم انتقاد حلف شمال الأطلسي لها لفشلها في وقف تهريب الأسلحة الإيرانية المزعوم، وتمويل الإرهاب، وغسيل الأموال، على غرار الموقف الذي تتبناه تجاه دول مثل بيلاروسيا وإيران وكوريا الشمالية في إعلان قمة حلف شمال الأطلسي الأخيرة”.   فوفقا للتقرير، بالإضافة إلى ما حققته جيبوتي من مكاسب مشتركة هي وحلفاؤها الدوليون “منح الحوثيون الصين ممرا آمنا شاملاً لشحناتها، مما ساهم في ارتفاع حركة الشحن في جيبوتي”، مؤكداً أن الميناء “تعامل مع كميات هائلة من الحاويات المنقولة من موانئ البحر الأحمر إلى الموانئ التي يسيطر عليها الحوثيون، في الحديدة غربي اليمن، ويتم ذلك باستخدام سفن مملوكة ومدارة من قبل جيبوتي”.   واضاف موضحاً: “عند التفحص قليلا، نجد انه قبل أزمة البحر الأحمر، كان حجم التجارة بين الصين والحوثيين ضئيلا للغاية، حيث كان يتم استيراد أقل من 365 حاوية (عشرين قدم) شهريا من الصين" ، الا أنها وصلت في أبريل 2024، إلى أكثر من 1900 حاوية، بزيادة 427٪ منذ أكتوبر 2023. 

  علاوة على ذلك “استُخدمت جيبوتي من قبل جهات فاعلة غير حكومية صنفتها الولايات المتحدة والاتحاد الأوروبي على أنها إرهابية سعياً للتهرب من العقوبات”.   فحسب تقرير “تقييم مخاطر تمويل الإرهاب الوطني لعام 2024″، الصادر عن وزارة الخزانة الأمريكية، يقول تقرير المعهد، إن “حزب الله استخدم شركات واجهة وشركات شحن في البلاد لتسهيل غسل الأموال والأنشطة التجارية غير المشروعة، بما في ذلك تهريب الفحم غير المشروع والمخدرات والأسلحة والنفط، مما أفاده هو وفيلق القدس التابع للحرس الثوري الإسلامي الإيراني”.