تعمل قيادة المجلس الانتقالي الجنوبي ممثلة بالرئيس القائد عيدروس الزُبيدي على مواجهة الاجندات العدائية المدعومة من الخارج، عبر السعي إلى تعزيز اللحمة في الداخل، وإشراك السكان في خط مصير الجنوب.
ويتخذ المجلس من تطهير المحافظات الجنوبية من الجماعات الإرهابية أولى أهدافه خلال المرحلة الحالية، في ظل دلائل على وجود حالة تخادم بين تلك الجماعات (القاعدة) وقوى أخرى تعمل ضد قيام استعادة دولة الجنوب.
